Une classification fine des lymphomes non hodgkiniens
La connaissance précise du lymphome non hodgkinien est devenue un enjeu capital et de nombreuses avancées ont eu lieu depuis l’introduction de la classification de l’OMS en 2001. Le risque d’erreurs reste cependant plus élevé que dans d’autres pathologies. On recense plus de 80 types de lymphomes non hodgkiniens, dont certains sont rares et difficiles à caractériser. Le test LymphoSign développé par Genexpath offre une classification fine de ces lymphomes.
Le test LymphoSign offre une mesure précise de la signature d’expression de plus de 130 gènes d’intérêt. Basée sur une technologie brevetée de PCR dépendante de ligation, le test permet aux praticiens une connaissance fine et capitale des données collectées.
LymphoSign se compose d’un test in vitro et d’une analyse bioinformatique après séquençage NGS. Il ne nécessite qu’une faible quantité d’ARN tumoral et est optimisé pour les échantillons FFPE.
Un protocole simple et rapide
Le test In Vitro se compose de 4 étapes d’une durée totale d’ 1/2 journée environ dont 1h à 1h30 de manipulation réelle.
Le séquençage NGS du test LymphoSign ne nécessite que 100.000 reads par échantillon.
De plus, LymphoSign peut être séquencé avec d’autres librairies et les barcodes sont fournis avec le kit.
Une analyse informatique robuste et efficace
Après le séquençage NGS, l’utilisateur charge le fichier FastQ sur la plate-forme RT-MIS accessible en ligne.
Le logiciel RT-MIS permet un traitement rapide des données de séquençage afin de fournir pour chaque échantillon la quantification de tous les marqueurs de la signature LymphoSign. Le logiciel inclut un algorithme d’intelligence artificielle via l’utilisation de Random Forest afin de proposer une classification et de fournir toutes les informations détaillées aux utilisateurs.
La base de données ayant entrainé l’Intelligence Artificielle contient plus de 3000 échantillons tumoraux.
RT-MIS délivre pour chaque échantillon :
- La classification prédite par l’intelligence artificielle
- un rapport au format pdf reprenant sous forme graphique les signatures d’expression des différents gènes que ce soit pour les lymphomes B ou les lymphomes T.
- Des caractéristiques additionnelles (mutations…)
Il permet également de comparer les niveaux d’expression des différents marqueurs pour 2 classes distinctes de lymphomes non hodgkiniens choisies par l’utilisateur.
Le Test LymphoSign est marqué CE-IVD
Voir les vidéos de formation :
Mise en oeuvre du test in vitro LymphoSign
Préparation des librairies pour les tests LymphoSign et SarcomaFusion
Lancement du séquençage