L'autophagie est un processus cellulaire critique qui implique la dégradation et la digestion des composants intracellulaires par le lysosome. Ce processus permet non seulement aux cellules de mobiliser et de recycler efficacement les constituants cellulaires, mais empêche également l'accumulation d'organites endommagés, de protéines mal repliées et de micro-organismes envahisseurs. L'autophagie est un processus en plusieurs étapes qui commence par la séquestration des organites et des protéines cytoplasmiques. Ces composants cellulaires sont séquestrés par une double membrane, formant un autophagosome.

La relation entre l'autophagie et l'apoptose est complexe. Les deux voies partagent des stimuli et des composants communs, et peuvent réguler l'activité de l'autre. Cependant, les facteurs spécifiques et les mécanismes qui dictent le choix entre l'autophagie et l'apoptose restent flous.

Afin de mesurer l'autophagie et la cytotoxicité, il est possible d'utiliser des kits utilisant la monodansylcadavérine (MDC), un composé fluorescent qui est incorporé dans les corps multilamellaires à la fois par un mécanisme de piégeage d'ions et l'interaction avec les lipides membranaires, comme sonde pour la détection des vacuoles autophagiques dans les cellules cultivées. L'iodure de propidium est utilisé comme marqueur de la mort cellulaire.