La coloration de Masson - Fontana repose sur les propriétés des mélanines. Les mélanines sont un groupe de précipités marron-noir dans la structure chimique exacte n'est pas connue.

Les mélanines se lient aux protéines et les complexes mélanine-protéine sont localisés dans le cytoplasme ded cellules dans les granules à mélanine. La mélanine a la capacité de réduire les solutions de nitrate d'argent ammoniacal en argent métallique sans l'utilisation d'agent réducteur externe. La coloration de Masson – Fontana est loin d'être spécifique pour la mélanine, car elle permet également de visualiser d'autres substances qui ont les mêmes propriétés de réduction, comme les granules argentaffines et les lipofuschines.

La coloration de Masson – Fontana peut être utilisée pour la différenciation des pigments marrons (lipofuschine, hémosidérine, mélanine), pour le dépôt de pigment du à des traitements comme la Minocycline de type II ou pour le diagnostic différentiel de l'hypomélanose.

Voici quelques exemples de coloration obtenue avec la méthode de Masson – Fontana :