Séquençage du transcriptome par NGS - Préparation de banques
Le terme ARN-Seq ou RNA-Seq fait référence à une approche de séquençage de nouvelle génération (NGS) qui offre un instantané de l'ensemble du profil du transcriptome ou de l'ARN messager (ARNm) à un moment donné.
L'analyse du transcriptome complet ou Whole Transcriptome sequencing vise à capturer l'ARN codant et non codant et à quantifier l'hétérogénéité de l'expression des gènes dans les cellules, les tissus, les organes et même un corps entier.
Le séquençage du transcriptome complet donne donc la vue la plus complète possible. C'est la méthode qui permet de séquencer tous les transcripts d'ARN codant et non codant. En d'autres termes, les ARN messagers qui codent pour les protéines mais également tous les autres micro-ARN, les petits ARN interférents, les ARN extracellulaires.
L’autre avantage du séquençage du génome entier est que l’extraction et la purification de l’ARN total est plus facile et moins couteuse que l’ARN messager par exemple. Il est cependant nécessaire d’éliminer l’ARN ribosomal qui est présent en trop grande quantité et qui pourrait interférer avec les autres types d’ARN. On parle alors de déplétion des ARN ribosomaux.
