Après le protocole d'immunofluorescence, les échantillons doivent être montés entre lame et lamelle pour être analysé en microscopie. Pour cela, il est nécessaire d'utiliser un milieu de montage approprié à la fluorescence afin de fixer les échantillons sur la lame et prévenir leur déshydratation. De plus, les milieux de montage augmentent l'index de réfraction.

Certains milieux de montage contiennent des additifs comme le DABCO, un agent anti-décoloration qui protège l'échantillon contre le photoblanchiment. En fonction des fluorochromes utilisés, certains agents anti-décoloration sont plus efficaces que d'autres. Il existe également des milieux de montage contenant des colorants de l'ADN (comme le DAPI). Grâce à ces milieux de montage, il est possible de colorer les noyaux pendant le montage.

Il existe des milieux de montage capable de se polymériser, ces milieux sont très largement utilisés pour la microscopie à fluorescence. Grâce à ces milieux de montages il est possible de conserver les échantillons marqués très longtemps à condition de les protéger de la lumière, le seul facteur déterminant la durée de conservation est le fluorochome utilisé dont l'intensité de fluorescence décroit avec le temps.