MgCl2 est un réactif essentiel dans la réaction en chaîne de la polymérase (PCR), car il joue un rôle critique dans le processus d'amplification.

MgCl2 sert de cofacteur à la Taq polymérase, qui est l'ADN polymérase la plus couramment utilisée dans la PCR. Il est nécessaire à l'activité et à la stabilité de la Taq polymérase, qui étend les amorces et synthétise de nouveaux brins d'ADN pendant la PCR.MgCl2 contribue également à stabiliser l'ADN  double brin (ADNdb) et favorise le recuit des amorces sur l'ADN matrice.

La concentration de MgCl2 dans la réaction PCR est critique et peut affecter la spécificité et le rendement du produit PCR. La concentration optimale de MgCl2 varie en fonction des conditions spécifiques de la réaction PCR et de l'ADN polymérase utilisée. Il est recommandé d'optimiser la concentration de MgCl2 dans la réaction PCR pour obtenir les meilleurs résultats.