Synaptophysin ist ein Glykoprotein aus synaptischen Vesikeln, das bei der synaptischen Übertragung von Neuronen verwendet wird. Synaptophysin ist ein kalziumbindendes, integrales Membran-Glykoprotein, das in präsynaptischen Vesikeln in fast allen Neuronen vorkommt. Synaptophysin hat vier Transmembrandomänen und bildet bei hohen Kalziumkonzentrationen einen Komplex mit Dynamin, was auf eine Beteiligung an der Endozytose synaptischer Vesikel schließen lässt. Es ist auch an der Regulierung der kurz- und langfristigen synaptischen Plastizität beteiligt. Synaptophysin ist derzeit der am häufigsten verwendete Marker für Nervenendigungen und zur Unterscheidung von neuroendokrinen Tumoren. Mutationen in diesem Gen können zu geistiger Retardierung führen, X-chromosomal 96. Anti-Synaptophysin färbt die gastrointestinale Schleimhaut und die neuroendokrinen Zellen der menschlichen Nebennierenrinde, der Karotis, der Bauchspeicheldrüse, der Hypophyse, der Haut und der Schilddrüse. Synaptophysin färbt auch neuroendokrine Neoplasmen. Die Verwendung von Anti-Synaptophysin führt zu einer diffusen, feinkörnigen, zytoplasmatischen Anfärbung. Das Vorhandensein von Synaptophysin korreliert nicht mit der neuronenspezifischen Enolase oder anderen neuroendokrinen Markern.