Ziel der Fixierung ist es, die Strukturen zu erhalten und die Proben auszuhärten. Sie muss unmittelbar nach der Probenahme erfolgen, indem das Material in ein großes Volumen einer Fixierflüssigkeit getaucht wird. Die am häufigsten verwendeten Fixierflüssigkeiten sind Formalin oder Bouin's Liquid (eine Mischung aus Formaldehyd und Pikrinsäure). Die Dauer der Fixierung hängt vom Volumen der Proben ab (von einigen Stunden für ein kleines Biopsiefragment bis zu mehreren Wochen für ein ganzes menschliches Gehirn).

 

Da die Fixierung darauf abzielt, die Zell- und Gewebestrukturen in einem Zustand zu immobilisieren, der ihrem lebenden Zustand so nahe wie möglich kommt, muss das Fixiermittel eine schnelle und homogene Penetration aufweisen, keine Geweberetraktion bewirken, intrazelluläre Organellen und Strukturen latent sichtbar machen, die Verdrängung löslicher Bestandteile wie Glykogen vermeiden, die Aktivität bestimmter Enzyme erhalten und im Prinzip das Auffinden der sichtbaren Elemente bei der Vitalfärbung ermöglichen. Zusammenfassend lässt sich sagen, dass die Fixierung keine Artefakte erzeugen und die Erhaltung und genaue Abbildung von Gewebe und Zellen gewährleisten sollte.