Das Prinzip der Feulgen-Färbung besteht in der Dissoziation der beiden DNA-Stränge durch Hydrolyse mit einer Lösung von molarer HCl, die die Purinbasen zerstört. HCl trennt die beiden Purinbasen der DNA: Adenin und Guanin, wodurch die Hemiacetalfunktionen der Desoxyribosen freigesetzt werden. Dadurch werden die Desoxyribosen zugänglich gemacht, so dass Fuchsin (Schiff'sches Reagenz) mit den Aldehydgruppen reagieren kann. Das Schiffsche Reagenz reagiert dann mit den reduzierenden Funktionen und bildet einen roten Niederschlag. So wird die DNA rot-rosa gefärbt. Diese Färbung ist je nach Grad der Chromatinspiralisierung mehr oder weniger intensiv und eignet sich daher besonders gut zur Hervorhebung der Chromosomen im Zellkern während der Mitose. Die rosa gefärbten Banden, die dann erscheinen, entsprechen den Genen und die hellen Banden den intergenen Regionen.