Die Proben werden lysiert und durch die Membran unter Verwendung von Zentrifugal- oder Vakuumkraft geleitet. Wasch- und Elutionslösungen werden anschließend durch die Membran geleitet, und die Probe wird durch Zentrifugation oder Vakuum in einem Röhrchen gesammelt.

Die Festphasenextraktion, wie sie bei einer Spin-Column-basierten Extraktionsmethode verwendet wird, nutzt die Tatsache aus, dass DNA an Silika bindet. Die Probe, die DNA enthält, wird zu einer Säule mit Silikagel oder Silikaperlen und chaotropen Salzen hinzugefügt. Die chaotropen Salze stören die Wasserstoffbrückenbindungen zwischen den Strängen und erleichtern die Bindung der DNA an Silika, indem sie die Nukleinsäuren hydrophob machen. Dies legt die Phosphatresiduen frei, sodass sie zur Adsorption verfügbar sind. Die DNA bindet an das Silika, während der Rest der Lösung mit Ethanol gewaschen wird, um chaotrope Salze und andere unnötige Bestandteile zu entfernen. Die DNA kann dann mit wässrigen Niedrigsalzlösungen rehydratisiert werden, was die Elution der DNA von den Perlen ermöglicht.