Nach dem Immunfluoreszenzprotokoll sollten die Proben für die mikroskopische Analyse zwischen Objektträger und Deckglas montiert werden. Dazu ist es notwendig, ein geeignetes Fluoreszenzeinbettungsmittel zu verwenden, um die Proben auf dem Objektträger zu fixieren und ihre Austrocknung zu verhindern. Darüber hinaus erhöhen die Einbettungsmittel den Brechungsindex.

Einige Einbettmittel enthalten Zusätze wie DABCO, ein Antiverblendungsmittel, das die Probe vor dem Ausbleichen durch Licht schützt. Je nach den verwendeten Fluorochromen sind einige Lichtschutzmittel wirksamer als andere. Darüber hinaus gibt es auch Einbettmittel, die DNA-Farbstoffe (z. B. DAPI) enthalten. Dank dieser Trägermaterialien ist es möglich, die Kerne während des Zusammenbaus einzufärben.

Es gibt polymerisationsfähige Einbettmittel, die in der Fluoreszenzmikroskopie sehr häufig verwendet werden. Dank dieser Trägermedien können die Proben lange aufbewahrt werden, wenn sie vor Licht geschützt werden. Der einzige Faktor, der die Haltbarkeit bestimmt, ist das verwendete Fluorochrom, dessen Fluoreszenzintensität mit der Zeit abnimmt.