Die Rhodaninfärbung wird in der Histologie zum Nachweis von Kupferablagerungen verwendet. Die Reaktion nutzt die Eigenschaft von Kupfer, sich mit hoher Affinität an Protein-Kupferablagerungen in Gewebeschnitten zu binden.

Überschüssige Kupferablagerungen finden sich in den zytoplasmatischen Proteinen der Zellen bei vielen leberbezogenen Pathologien wie chronischer Gallenwegsobstruktion und chronischer Hepatitis. Die Quantifizierung nach der Rhodaminfärbung von Gewebeschnitten ist die am häufigsten verwendete Methode, um das Vorhandensein abnormaler Kupferablagerungen zu erkennen.

Die Rhodaminfärbung wird hauptsächlich bei der Diagnose der Wilson-Krankheit verwendet, da sie im Vergleich zum Rubeansäure-Test eine höhere Empfindlichkeit aufweist. Diese Krankheit verursacht einen Kupferüberschuss, der Leberschäden verursacht, die zu akuter Hepatitis und fortgeschrittener Zirrhose führen können. Überschüssiges Kupfer kann bei Morbus Wilson auch im Gehirn und in der Hornhaut der Augen gefunden werden.