Die Alcianblaufärbung wird zum Anfärben von saurem Schleim und essigsauren Muzinen verwendet.

Bei Mesotheliomen werden übermäßige Mengen von nicht sulfatiertem saurem Schleim beobachtet. Diese Schleimstoffe sind in normalen Mengen in den Wänden der Blutgefäße vorhanden, nehmen aber in frühen Läsionen der Atherosklerose zu.

Der pH-Wert der Alcianblau-Färbelösung ist sehr wichtig und hat einen direkten Einfluss auf die Kategorie der mit dieser Methode nachgewiesenen Muzine. Der pH-Wert der Alcianblau-Färbelösung kann zwischen 0,4 und 2,5 liegen.

Wenn der pH-Wert der Lösung 1,0 beträgt, färbt die Lösung die sulfatierten sauren Muzine an. Diese Muzine kommen hauptsächlich im Knorpel, in den Becherzellen des Dickdarms und im Bronchialserum vor.
Wenn die Alcianblau-Färbelösung einen pH-Wert von 2,5 hat, werden die carboxylierten Muzine im Bindegewebe und im Knorpel angefärbt.