Das zytotoxische T-Lymphozyten-assoziierte Protein 4 (CTLA-4) ist ein Rezeptor auf T-Helferzellen, der als Immun-Checkpoint und Downregulator von Immunantworten fungiert. Mutationen in CTLA-4 werden mit insulinabhängigem Diabetes mellitus, Hashimoto-Thyreoiditis, Morbus Basedow, systemischem Lupus erythematodes (SLE), Zöliakie, primär biliärer Zirrhose, schilddrüsenassoziierter Orbitopathie, multipler Sklerose und anderen Autoimmunerkrankungen in Verbindung gebracht. Die gespleißte Variante von CTLA-4 bei SLE ist im Serum des Patienten vorhanden. Eine Haploinsuffizienz von CTLA-4 verursacht die als CTLA-4-Mangel oder CHAI-Krankheit (CTLA4-Haploinsuffizienz mit Autoimmuninfiltration) bekannte Störung des Immunsystems.