Tras el protocolo de inmunofluorescencia, las muestras deben montarse entre portaobjetos y cubreobjetos para su análisis microscópico. Para ello, es necesario utilizar un medio de montaje de fluorescencia adecuado para fijar las muestras en el portaobjetos y evitar su deshidratación. Además, los medios de montaje aumentan el índice de refracción.

Algunos medios de montaje contienen aditivos como el DABCO, un agente antidecoloración que protege la muestra contra el fotoblanqueo. Dependiendo de los fluorocromos utilizados, algunos agentes antidecoloración son más eficaces que otros. Además, también existen medios de montaje que contienen colorantes de ADN (como DAPI). Gracias a estos medios de montaje, es posible colorear los núcleos durante el montaje.

Existen medios de montaje capaces de polimerizar, estos medios son muy utilizados para la microscopía de fluorescencia. Gracias a estos medios de montaje es posible conservar las muestras durante mucho tiempo si se protegen de la luz, el único factor que determina la vida útil es el fluorocromo utilizado cuya intensidad de fluorescencia disminuye con el tiempo.