Las células madre embrionarias de ratón (mESCs) son un modelo animal comúnmente utilizado en la investigación de células madre y biología del desarrollo. Las mESCs suelen aislarse de blastocistos derivados de la masa celular interna de embriones de 3.5 días de edad y tienen el potencial de generar todos los tipos celulares presentes en el cuerpo. Pueden cultivarse en medios libres de suero, sin una capa alimentadora, en presencia de factor inhibidor de leucemia (LIF) y proteína morfogenética ósea (BMP)-4, lo que las convierte en un excelente modelo.

Las mESCs son una herramienta excelente para entender muchos aspectos de la biología celular y del desarrollo, como la regulación del ciclo celular, las interacciones celulares durante el desarrollo y el control de la expresión génica. Las mESCs son un sistema importante para entender la biología de las células madre y los tejidos, así como para crear ratones transgénicos o knockout, que se utilizan como modelos de enfermedades in vivo, mediante recombinación homóloga. Las aplicaciones recientes de las mESCs incluyen la identificación de factores que mantienen la pluripotencia, la investigación de enfermedades genéticas humanas, la identificación de nuevos factores de diferenciación y la biología del cáncer.