Las muestras se lisian y se pasan a través de la membrana utilizando fuerza centrífuga o de vacío. Las soluciones de lavado y elución se pasan posteriormente a través de la membrana, y la muestra se recolecta en un tubo mediante centrifugación o vacío.

La extracción en fase sólida, como el método de extracción basado en columna de centrifugación, aprovecha el hecho de que el ADN se une a la sílice. La muestra que contiene ADN se añade a una columna que contiene gel de sílice o perlas de sílice y sales caotrópicas. Las sales caotrópicas interrumpen los enlaces de hidrógeno entre las cadenas y facilitan la unión del ADN a la sílice al hacer que los ácidos nucleicos se vuelvan hidrófobos. Esto expone los residuos de fosfato para que estén disponibles para la adsorción. El ADN se une a la sílice, mientras que el resto de la solución se lava con etanol para eliminar las sales caotrópicas y otros componentes innecesarios. Luego, el ADN puede rehidratarse con soluciones acuosas de bajo contenido salino, permitiendo la elución del ADN de las perlas.