La extracción con fenol es un método comúnmente utilizado para eliminar proteínas de una muestra de ADN, por ejemplo, para eliminar proteínas del lisado celular durante la preparación de ADN genómico.

La extracción orgánica implica la adición e incubación en múltiples soluciones químicas diferentes; incluyendo un paso de lisis, una extracción con fenol-cloroformo, una precipitación con etanol y pasos de lavado.

Las muestras se homogeneizan en una solución que contiene fenol y luego se centrifugan tras la adición de cloroformo. Durante la centrifugación, la muestra se separa en tres fases: una fase acuosa superior que contiene ADN, una interfaz que contiene las proteínas, y una fase orgánica inferior que contiene ARN y lípidos.

La ventaja del método de fenol-cloroformo es la simplicidad del protocolo, la rápida desnaturalización de las nucleasas y la estabilización de los ácidos nucleicos. La principal desventaja es el uso de los productos químicos tóxicos fenol y cloroformo, y hay un mayor riesgo de contaminación debido a la transferencia del ADN entre varios tubos.