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La electroforesis de proteínas es una técnica de electroforesis en gel que permite analizar una mezcla de proteínas. El gel utilizado está compuesto de acrilamida, que se polimeriza formando una red de malla. La electroforesis en gel permite separar las proteínas para su análisis. Se basa en la capacidad de las proteínas cargadas para migrar a través de la malla de un gel cuando se aplica una corriente eléctrica. El análisis de una mezcla mediante electroforesis en gel se realiza sobre las denominadas proteínas desnaturalizadas, es decir, proteínas que han perdido sus estructuras terciarias y secundarias. Un detergente aniónico recubre las cadenas poliméricas desnaturalizadas, dándoles una carga (relación constante carga/aminoácidos). Las proteínas individuales de una mezcla compleja se cubren así con una "capa" de cargas negativas. Cuando se aplica un voltaje continuo entre los extremos de un gel donde se ha depositado la mezcla compleja de proteínas, éstas migran a través de las mallas que constituyen el gel. La malla del gel retendrá menos moléculas de bajo peso molecular, que serán las que migren en mayor medida. Las moléculas más largas quedarán más retenidas entre las mallas del gel y tendrán una migración relativa menor. La definición de la separación puede aumentarse o disminuirse utilizando un gel de malla más o menos suelta. Durante la migración se utiliza un marcador de peso molecular para obtener una escala de peso molecular que permita determinar el tamaño de cada proteína de la mezcla.

 

Para visualizar las proteínas tras la migración, lo más frecuente es utilizar una tinción específica. La tinción más utilizada es el azul de Coomassie, pero también es posible realizar una tinción de plata. Durante la migración se utiliza un marcador de peso molecular para obtener una escala de peso molecular que permita determinar el tamaño de cada proteína de la mezcla.