L'estrazione con fenolo è un metodo comunemente usato per rimuovere le proteine da un campione di DNA, ad esempio per rimuovere le proteine dal lisato cellulare durante la preparazione del DNA genomico.

L'estrazione organica implica l'aggiunta e l'incubazione in diverse soluzioni chimiche; inclusa una fase di lisi, un'estrazione con fenolo-cloroformio, una precipitazione con etanolo e fasi di lavaggio.

I campioni vengono omogeneizzati in una soluzione contenente fenolo e poi centrifugati dopo l'aggiunta di cloroformio. Durante la centrifugazione, il campione si separa in tre fasi: una fase acquosa superiore che contiene DNA, un'interfaccia contenente le proteine e una fase organica inferiore che contiene RNA e lipidi.

Il vantaggio del metodo fenolo-cloroformio è la semplicità del protocollo, la rapida denaturazione delle nucleasi e la stabilizzazione degli acidi nucleici. Lo svantaggio principale è l'uso di sostanze chimiche tossiche come il fenolo e il cloroformio, e c'è un rischio maggiore di contaminazione a causa del trasferimento del DNA tra più tubi.