La perforina è una proteina che forma un poro con un meccanismo di formazione del canale transmembrana simile a quello della C9, ed è stata dimostrata l'omologia tra la perforina e la C9. La perforina si trova nei granuli dei linfociti T citotossici e delle cellule natural killer e ha la funzione di consentire ai granzimi di entrare nelle cellule bersaglio e attivare l'apoptosi. L'espressione della perforina è regolata nei linfociti T CD8+ attivati e queste cellule sono state identificate per avere un'influenza importante nelle malattie infiammatorie della pelle associate ai Th1. È stato suggerito che la perforina svolga un ruolo nell'alloimmunità, essendo coinvolta sia nel processo citolitico del rigetto sia nella downregulation delle risposte mediate dalle cellule T associate alla risposta alloimmunitaria. La citotossicità mediata dalla perforina è stata anche collegata a diverse malattie autoimmuni. Difetti nel gene della perforina causano la linfoistiocitosi emofagocitica familiare di tipo 2 (HPLH2), una malattia autosomica recessiva rara e letale della prima infanzia.