Dopo il protocollo di immunofluorescenza, i campioni devono essere montati su un vetrino e un coprioggetto per l'analisi al microscopio. A tale scopo, è necessario utilizzare un mezzo di montaggio per fluorescenza adatto per fissare i campioni sul vetrino ed evitare la loro disidratazione. Inoltre, i mezzi di montaggio aumentano l'indice di rifrazione.

Alcuni supporti di montaggio contengono additivi come il DABCO, un agente anti-sbiadimento che protegge il campione dal fotobleaching. A seconda dei fluorocromi utilizzati, alcuni agenti anti-sbiadimento sono più efficaci di altri. Inoltre, esistono anche supporti di montaggio contenenti coloranti del DNA (come il DAPI). Grazie a questi supporti di montaggio, è possibile colorare i nuclei durante l'assemblaggio.

Esistono supporti di montaggio in grado di polimerizzare, molto utilizzati per la microscopia a fluorescenza. Grazie a questi supporti è possibile conservare i campioni per lungo tempo se protetti dalla luce; l'unico fattore che determina la conservabilità è il fluorocromo utilizzato, la cui intensità di fluorescenza diminuisce con il tempo.