La sinaptofisina è una glicoproteina delle vescicole sinaptiche utilizzata nella trasmissione sinaptica dei neuroni. La sinaptofisina è una glicoproteina integrale di membrana che lega il calcio, presente nelle vescicole presinaptiche di quasi tutti i neuroni. La sinaptofisina ha quattro domini transmembrana e forma un complesso con la dinamina ad alte concentrazioni di calcio, suggerendo un coinvolgimento nell'endocitosi delle vescicole sinaptiche. È inoltre coinvolta nella regolazione della plasticità sinaptica a breve e lungo termine. La sinaptofisina è attualmente il marcatore più utilizzato per i terminali nervosi e per differenziare i tumori neuroendocrini. Mutazioni nel gene possono provocare ritardo mentale, X-linked 96. L'anti-sinaptofisina colora la mucosa gastrointestinale e le cellule neuroendocrine polmonari della midollare surrenale umana, del corpo carotideo, del pancreas, dell'ipofisi, della pelle e della tiroide. La sinaptofisina colora anche le neoplasie neuroendocrine. L'uso dell'anti-sinaptofisina produce una colorazione citoplasmatica diffusa e finemente granulare. La presenza di sinaptofisina non è correlata all'enolasi neurone-specifica o ad altri marcatori neuroendocrini.