Il duodeno fa parte del sistema digestivo. È la prima parte dell'intestino tenue, gli altri due parti sono il digiuno e l'ileo. Segue lo stomaco attraverso il piloro, l'ultima parte dello stomaco, e termina con il digiuno all'angolo duodeno-digiunale. Il duodeno è l'unica parte fissa dell'intestino tenue, mentre gli altri due sono mobili. I dotti escretori del pancreas e del tratto biliare arrivano a questo segmento.

Il duodeno è utilizzato principalmente per la digestione, la sua funzione è quella di neutralizzare l'alta acidità del chimo, il cibo digerito dallo stomaco. Il duodeno si difende dalle aggressioni chimiche e meccaniche con la secrezione di muco, proteggendo la mucosa. È nel duodeno che vengono assorbiti molti nutrienti come calcio, ferro, vitamine e lipidi.