Les amygdales, ensembles d’organes lymphoïdes orientés vers l’appareil digestif, constituent la première défense du système immunitaire contre les agents pathogènes étrangers et contribuent à prévenir les infections respiratoires et gastro-intestinales. Les amygdales comprennent l'amygdale adénoïde, deux amygdales tubaires, deux amygdales palatines et les amygdales linguales. Les amygdales possèdent à leur surface des cellules spécialisées dans la capture des antigènes, appelées cellules M, qui permettent d'absorber les antigènes produits par les agents pathogènes. Ces cellules M alertent ensuite les cellules B et T sous-jacentes de l'amygdale de la présence d'un agent pathogène et une réponse immunitaire est stimulée. Les cellules endothéliales, les cellules épithéliales et les fibroblastes sont des composants essentiels nécessaires au fonctionnement normal du système amygdalien. Des changements dans la prolifération et la régulation des cellules au sein du système amygdalien conduisent au développement de l'amygdalite et de l'hyperplasie adénotonsillaire.