La synaptophysine est une glycoprotéine vésiculaire synaptique utilisée dans la transmission synaptique des neurones. La synaptophysine est une glycoprotéine membranaire intégrale se liant au calcium, présente dans les vésicules présynaptiques de presque tous les neurones. La synaptophysine a quatre domaines transmembranaires et forme un complexe avec de la dynamine à des concentrations élevées de calcium, suggérant une implication dans l'endocytose de la vésicule synaptique. Elle participe également à la régulation de la plasticité synaptique à court et à long terme. La synaptophysine est actuellement le marqueur le plus largement utilisé pour les terminaisons nerveuses et pour différencier les tumeurs neuroendocrines. Des mutations dans le gène peuvent entraîner un retard mental, lié au X 96. L'anticorps anti-Synaptophysine colore les cellules neuroendocrines de la muqueuse gastro-intestinale et du poumon de la médullosurrénale, du corps carotidien, du pancréas, de l'hypophyse, de la peau et de la thyroïde. La synaptophysine est présente également les néoplasmes neuroendocriniens. L'utilisation d'anticorps anti-Synaptophysin produit une coloration cytoplasmique diffuse, finement granulaire. La présence de synaptophysine ne correspond pas à l'énolase spécifique des neurones ni aux autres marqueurs neuroendocriniens.