Les méthodes de purification sur colonnes à base de membrane de silice peuvent être utilisées pour éliminer les contaminants et les inhibiteurs, mais elles sont coûteuses et peuvent présenter un faible rendement. Des approches moins coûteuses comme l'hydroxyde de sodium (NaOH) et la protéinase K (PK) permettent de gagner du temps, mais les contaminations peuvent produire des résultats incohérents. C'est pourquoi il est préférable d'utiliser un kit pour PCR directe qui allie le faible coût des méthodes d'extraction classiques avec les performances d'ADN polymérases optimisées pour l'amplification à partir d'extraits non purifiés.