Electrophorèse et Transfert
L'électrophorèse est une technique de séparation de particules chargées électriquement, on parle alors de technique séparative. La séparation se fait par une migration différentielle sous l'action d'un champ électrique. La distance parcourue et la vitesse de migration dépendant des caractéristiques de la molécule comme sa taille, sa géométrie ou encore sa charge électrique. Pour la migration, on utilise une matrice qui est un support pour guider et ralentir la migration des molécules afin d'améliorer leur séparation. Le plus souvent cette matrice est un gel qui peut avoir différentes compositions en fonction des molécules que l'on veut séparer (agarose pour les acides nucléiques ou polyacrylamide pour les protéines par exemple). Le choix du support dépend de la nature des molécules à identifier. Des molécules très petites évoluant dans un gel dont le maillage présente des pores trop gros ne seront, par exemple, pas suffisamment ralenties et donc mal identifiées. À l'inverse, des grosses molécules dans un maillage trop fin seront complètement bloquées. De manière générale, l'agarose est utilisée pour les grosses molécules, par exemple pour séparer l'ADN et de l'ARN. L'acrylamide et la bisacrylamide forment des réseaux beaucoup plus fins ; ils sont donc indiqués pour séparer des molécules de masse moléculaire moins élevée comme les protéines.