Des réarrangements du facteur de transcription ERG (ETS) ont été observés dans 40 à 60 % des cancers de la prostate identifiés par le dépistage de l'antigène prostatique spécifique (PSA). L'aberration la plus fréquente affectant l'ERG est la délétion interstitielle d'environ 3 Mb au niveau de la région chromosomique 21q22 trouvée dans 90% des cas. Cette délétion conduit à la fusion du promoteur régulé hormonalement du gène TMPRSS2 (sérine-protéase 2 transmembranaire) à la région codante de l'ERG, ce qui entraîne une surexpression du facteur de transcription de l'ERG. Cependant, environ 10% des cas de cancer de la prostate réarrangés par l'ERG présentent des fusions alternatives, comme par exemple le SLC45A3-ERG ou le NDRG1-ERG. Plusieurs études ont détecté des associations de réarrangements ERG avec des caractéristiques histomorphologiques ainsi que des modifications caractéristiques du nombre de copies chromosomiques et des signatures d'expression génique, définissant une sous-classe distincte de cancers de la prostate au pronostic défavorable. Par conséquent, l'évaluation de l'état du réarrangement des ERG dans des échantillons de tissu ou d'urine par la FISH pourrait être pertinente pour le diagnostic et le pronostic. Les fusions de gènes EWSR1-ERG présentes chez environ 10% des patients atteints de sarcome d'Ewing peuvent résulter de réarrangements génomiques complexes et peuvent donc ne pas être détectées par l'analyse FISH ou peuvent donner lieu à un schéma de signal de translocation non classique.