Chez les mammifères, la phagocytose par les phagocytes (comme les macrophages, les cellules dendritiques et les neutrophiles) est essentielle pour une variété d'évènements biologiques, incluant le remodelage des tissues et la clairance continue des cellules mourantes. De plus, la phagocytose représente un événement précoce et crucial dans le déclenchement des défenses de l'hôte contre les agents pathogènes envahissants. La phagocytose comprend une série d'événements commençant par la liaison et la reconnaissance de particules sur les récepteurs de surface, suivies par la formation d'extensions membranaires riches en actine autour de ces particules. La fusion des extensions membranaires entraîne la formation du phagosome qui va ensuite évoluer en phagolysosome. Les pathogènes contenus dans le phagolysosome sont détruits par la chute du pH et l'hydrolyse. Ces événements précoces médiés par le système immunitaire inné sont cruciaux pour la survie de l'hôte. Ce processus permet de présenter des molécules dérivées des pathogènes à la surface des cellules, c'est ce qu'on appelle la présentation de l'antigène qui va permettre l'induction de l'immunité acquise.

La phagocytose peut être mesurée in vitro en mesurant l'engloutissement d'un substrat par des cellules phagocytaires. Divers substrats peuvent être utilisés, y compris des globules rouges, E. coli et des particules de Zymosan (levure).