L'ARN total est composé de grandes quantités de transcripts indésirables, telles que l'ARN ribosomique (ARNr), qui représente 80 à 98 % d’un échantillon d'ARN total, et l'ARNm de la globine, qui représente 35 à 80 % de l'ARNm dans les échantillons de sang. L'ARN ribosomique est un type d'ARN non codant qui est le principal composant des ribosomes, essentiel à toutes les cellules. L'ARN ribosomique est transcrit à partir de l'ADN ribosomique (ADNr) puis lié aux protéines ribosomiques pour former des sous-unités ribosomiques de petite et grande taille. L'ARNr est l'acteur physique et mécanique du ribosome qui force l'ARN de transfert (ARNt) et l'ARN messager (ARNm) à traiter et à traduire ces derniers en protéines.

La déplétion de l'ARN ribosomique (ARNr) avant le séquençage de l'ARN (ARN-Seq) est donc indispensable et permet de se concentrer sur l'analyse des portions d’intérêt du transcriptome. L'utilisation d’amorce oligo dT pour capturer la queue polyadénylée 3′ des transcripts et isoler l'ARNm est courante dans de nombreuses préparations de séquençage de l'ARN ; cependant, cette méthode ne permet pas de traiter les échantillons dégradés où la plus grande partie de l'ARN est séparée de la queue 3′, ni d'isoler les transcriptions non polyadénylées telles que les lncARN. Les méthodes d'élimination ribosomique répondent à ces problèmes en épuisant directement l'ARNr tout en laissant les autres transcriptions intactes.