Réactifs et instruments pour l'immunologie, la biologie cellulaire et la biologie moléculaire.
 
Solution de modélisation

Solution de modélisation

De l'atome aux organismes vivants

 

InSiliBio, la modélisation moléculaire pour votre R&D.

  

InSiliBio est une formidable boîte à outils de techniques numériques innovantes pour réaliser des simulations de modélisation moléculaire. Nous accompagnons la R&D de nos partenaires et clients en comprenant les mécanismes d'action liés aux activités biologiques, et en mettant en évidence les processus clés au niveau moléculaire.

InSiliBio rassemble des experts en modélisation moléculaire. Des méthodes et méthodologies fiables sont employées pour étudier :

  • Interactions molécule-membrane
  • Transporteurs de drogue
  • Interactions intermoléculaires
  • Interactions protéines-ligands

 

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InSiliBio calcule des descripteurs physico-chimiques extrêmement fiables d'une large gamme de médicaments. L'expérience d'InSiliBio repose sur plus de 20 ans de recherche académique, développée dans le but systématique de corréler les données théoriques avec les expériences . La résolution atomique de nos données est pratiquement impossible à atteindre expérimentalement.

 

    

Les solutions d'InSiliBio sont moins coûteuses que la plupart des expériences. L'utilisation de calculs haute performance évite le recours à de grandes infrastructures de laboratoire. L'optimisation et l'automatisation de nos méthodologies de simulations moléculaires sont un moyen sans fin de réduire les coûts , tout en maintenant, voire en améliorant, la précision des données.

 

 

 

Les solutions d'InSiliBio sont plus rapides que la plupart des expériences . En utilisant notre propre puissance de calcul et des méthodologies optimisées, nous pouvons gagner du temps par rapport aux expériences traditionnelles. De plus, cette optimisation continue du temps de calcul nous permet d'aborder des systèmes moléculaires avec un nombre d'atomes de plus en plus grand, modélisant ainsi des systèmes biologiques de plus en plus proches des environnements réalistes.

 

Les méthodes d'InSiliBio s'affranchissent de toute contrainte éthique et permettent même de réduire drastiquement l'expérimentation animale . En agissant en amont des expérimentations, InSiliBio soutient la R&D en se concentrant mieux sur les étapes clés du développement.

 

 

Technologie et capacités
Interactions molécule-membrane    

Les membranes sont des compartiments importants des cellules et des organites. Elles sont constituées de lipides disposés en bicouches avec des protéines, du cholestérol, des glucides et divers autres ingrédients spécifiques intégrés. Les membranes sont très dynamiques , diverses en composition et diverses en propriétés physico-chimiques. Les interactions molécule-membrane et les événements de croisement sont des étapes clés de la pharmacocinétique des médicaments . Sur la base de méthodes in silico, InSiliBio crée et simule la dynamique de modèles de membranes moléculaires avec des compositions lipidiques et des conditions environnementales personnalisées, spécifiques à différents organismes, organes et organites.

   Les simulations de dynamique moléculaire réalisées à InSiliBio évaluent l'insertion, la diffusion et le franchissement membranaire des molécules . Plusieurs paramètres connexes peuvent être calculés, notamment la position des molécules et l'orientation des médicaments, ainsi que l'impact sur la membrane environnante (par exemple, l'épaisseur, le paramètre d'ordre , la surface par lipide et l'hydratation). Ces simulations mettent en lumière les mécanismes sous-jacents aux interactions médicament-membrane et aux événements de croisement à une résolution atomique. L'utilisation d' outils d'intelligence artificielle peut améliorer l'analyse des données et aider à découvrir des informations cachées.

Transporteurs de drogue

  

Les vecteurs de médicaments font l'objet d'un développement intense dans la formulation pharmaceutique. Ils permettent un meilleur contrôle de la stabilité, de la délivrance et de la biodisponibilité des médicaments . Ils sont essentiels pour améliorer l'efficacité et l'acceptation du traitement, notamment grâce à un meilleur contrôle du dosage.

En utilisant des calculs de chimie quantique et des simulations de dynamique moléculaire, InSiliBio simule le comportement conformationnel et dynamique de peptides , de liposomes , de nanoparticules et de divers autres vecteurs de médicaments. Le processus d'administration de médicaments peut également être rationalisé en étudiant les interactions entre les modèles de membrane biologique et les vecteurs de médicaments. Le mécanisme de libération du médicament peut également être élucidé à ce stade. Les relations structure-propriété qui peuvent être établies fournissent des recommandations chimiques pour améliorer le transport et l'administration des médicaments.

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Interactions intermoléculaires

  
Les interactions intermoléculaires non covalentes entre médicaments ou entre médicaments et autres composés (endogènes/exogènes) peuvent conduire à des actions biologiques, notamment des effets synergétiques ou antagonistes. De telles interactions peuvent se produire dans différents compartiments, plus ou moins hydrophiles. Les calculs de chimie quantique et les simulations de dynamique moléculaire fournissent des descriptions très précises des propriétés physico-chimiques des médicaments et aident à mieux comprendre ces interactions intermoléculaires. Les forces motrices de ces interactions sont souvent cruciales pour rationaliser les propriétés biologiques. /upload/images-938-x-938-px-14-mthtpy.jpg

Interactions protéine-ligand
L'interaction protéine-ligand est une étape clé de l'activité des médicaments et de la pharmacodynamique . Les méthodes in silico sont devenues très efficaces pour étudier divers aspects de l'activité des protéines, des interactions ligand-protéine, des polymorphismes protéiques et des changements conformationnels importants. Les simulations moléculaires réalisées à InSiliBio, suivies d'analyses approfondies, permettent d'explorer de manière exhaustive ces différents aspects à une résolution atomique. De plus, les simulations in silico mettent en lumière les changements conformationnels complexes qui se produisent lors de la liaison/déliaison des protéines. Cela favorise le développement de médicaments et de thérapies plus efficaces qui ciblent des protéines spécifiques et des fonctions associées.

... des questions aux conclusions

Problématique

Nous commençons par rencontrer nos experts en physico-chimie et en modélisation moléculaire pour discuter de votre problématique. Ensemble, nous vous proposons des solutions pour décrypter les interactions moléculaires à l’origine de l’action biologique de vos composés actifs.

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Conceptualisation


La faisabilité et les étapes du projet sont établies. La taille des systèmes moléculaires et les objectifs atteignables sont discutés avec vous à un stade précoce. Ceci est suivi d'une proposition détaillée... à l'échelle atomique

Modélisation 3D et paramétrisation


Il s'agit d'une étape cruciale visant à définir des paramètres précis (flexibilité moléculaire, propriétés atomiques, T et p, environnement moléculaire...) pour mimer au plus près les conditions expérimentales réalistes . Les éventuels inconvénients seront discutés avec vous.

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Notre puissance de calcul à votre service

Les calculs sont réalisés sur nos supercalculateurs . Le temps de simulation dépend de la taille du système moléculaire et de l'échelle de temps des processus chimiques et biologiques étudiés. Le comportement des assemblages moléculaires est surveillé quotidiennement , afin d'optimiser le temps de simulation et d'exploiter davantage les données.

Livraisons scientifiques et commerciales

Une analyse approfondie des données (échantillonnage de nombreux événements moléculaires) permet de résoudre votre problème scientifique et InSiliBio vous offre :

  • Rapports scientifiques et présentations orales
  • Visualisations 3D fascinantes (images et vidéos)
  • Expérience de réalité virtuelle
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