LymphoTranscript pour la détection de plus de 50 transcrits de fusion.

LymphoTranscript pour la détection de plus de 50 transcrits de fusion.

La génétique du lymphome T périphérique (PTCL) est complexe, impliquant de nombreux transcrits de fusion récurrents identifiés ces dernières années grâce au séquençage à haut débit. Malgré ces avancées, une méthode abordable et rapide pour leur détection simultanée dans les échantillons cliniques reste indisponible.

Le test LymphoTranscript permet la détection des transcrits de fusion associés aux lymphomes T périphériques en un seul test. Il s'agit d'un test économique.

Ce test utilise une méthode RT-PCR dépendante de ligature (LD-RT-PCR), une technique semi-quantitative permettant l'analyse simultanée des translocations chromosomiques et des mutations somatiques. Cela est réalisé grâce à des paires de sondes oligonucléotidiques conçues pour cibler spécifiquement chaque marqueur.

Un protocole simple et rapide

Le test in vitro comprend quatre étapes pour une durée totale d'environ une demi-journée, dont 1 à 1,5 heure de manipulation.

Le séquençage NGS ne nécessite que 100 000 lectures par échantillon.

De plus, le test LymphoTranscript peut être séquencé en parallèle avec d'autres librairies, grâce aux codes-barres inclus dans le kit.

Analyse post-séquençage

Après le séquençage, la plateforme d'analyse en ligne RT-MIS facilite l'analyse automatisée des fichiers FASTQ. Elle génère ensuite une liste des fusions détectées dans l'échantillon biologique, accompagnée des données quantitatives correspondantes. RT-MIS fournit également la bibliographie pertinente pour ces fusions.

Ainsi, RT-MIS offre une solution simple, rapide et sécurisée pour les utilisateurs.

Caractéristiques de LymphoTranscript

 
Domaine d'application Détection de transcrits de fusion
Durée de manipulation ≃4h avant séquençage
Type d'échantillons Biopsies tissulaires fraîches, congelées ou fixées et incluses en paraffine
Quantité d'entrée Entre 50 et 500 ng dans un volume de 2 μL
Contenu du kit de réactifs Sondes ciblant les transcrits de fusion, les mutations somatiques et le virus HTLV1, codes-barres, amorces de séquençage

 

Détails du produit 

 

Réf. Description Cond.
GEP-LT08 Kit LymphoTranscript 8 réactions
GEP-LT16 Kit LymphoTranscript 16 réactions
GEP-LT24 Kit LymphoTranscript 24 réactions