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La base de la purification des immunoglobulines G (IgG), des fragments d'IgG et des sous-classes est la haute affinité de la protéine A (protéine de paroi cellulaire dérivée de Staphylococcus aureus) et de la protéine G (dérivée des Streptococcus des groupes C et G) pour la région Fc des anticorps polyclonaux et monoclonaux de type IgG. La protéine A peut être utilisée pour isoler les IgG monoclonales et polyclonales de l'ascite, du sérum et de surnageants de culture de tissus et de bioréacteur. Une purification par la protéine A est recommandée pour les anticorps humains (sauf IgG3, les IgG1 de souris ne peut se lier que faiblement), lapin, cobaye et porc. L'addition de l'anticorps à une colonne de protéine A à pH 8,0 est suivie d'une élution à un pH inférieur.

La protéine G présente un profil de liaison opposé à celui de la protéine A par rapport au pH: les anticorps se lient mieux à un pH bas et à un mauvais pH. Cependant, certains anticorps (IgG1 de souris et anticorps de lapin et humains) restent liés à la protéine G à un pH élevé (8 à 10), il est donc préférable de lier l'anticorps à pH 5 et d'éluer à pH 2,8. Cette méthode est utile pour l'IgG1 de souris, les IgG de rat (la plupart des sous-classes se lient faiblement bien que l'IgG2b puisse ne pas le faire), de singe, de lapin, de vache, de chèvre, de cheval et d'ovins.