Fenolextractie is een veelgebruikte methode voor het verwijderen van eiwitten uit een DNA-monster, bijvoorbeeld om eiwitten uit cellysaten te verwijderen tijdens de voorbereiding van genoom-DNA.

Organische extractie omvat het toevoegen en incuberen in meerdere verschillende chemische oplossingen; inclusief een lysisstap, een fenol-chloroformextractie, een ethanolprecipitatie en wasstappen.

Monsters worden gehomogeniseerd in een oplossing die fenol bevat en worden vervolgens gecentrifugeerd na toevoeging van chloroform. Tijdens de centrifugatie scheidt het monster zich in drie fasen: een bovenste aquatische fase die DNA bevat, een interface die de eiwitten bevat, en een onderste organische fase die RNA en lipiden bevat.

De voordeel van de fenol-chloroformmethode is de eenvoud van het protocol, de snelle denaturatie van nucleasen en de stabilisatie van nucleïnezuren. Het belangrijkste nadeel is het gebruik van de giftige chemicaliën fenol en chloroform, en er is een verhoogd risico op contaminatie door het overbrengen van DNA tussen meerdere buizen.