Rhodaninekleuring wordt in de histologie gebruikt om koperafzettingen te identificeren. De reactie maakt gebruik van de eigenschap van koper om zich met hoge affiniteit te binden aan kopereiwitafzettingen in weefselsecties.

Bij veel levergerelateerde pathologieën, zoals chronische biliaire obstructie en chronische hepatitis, worden overmatige koperafzettingen aangetroffen in de cytoplasmatische eiwitten van cellen. Kwantificering na rhodaminekleuring op weefselsecties is de meest gebruikte methode om de aanwezigheid van abnormale koperafzettingen aan te tonen.

Rhodamine-kleuring wordt voornamelijk gebruikt bij de diagnose van de ziekte van Wilson vanwege de grotere gevoeligheid in vergelijking met de ruïnezuurtest. Deze ziekte veroorzaakt een teveel aan koper dat leverschade veroorzaakt die kan leiden tot acute hepatitis en gevorderde cirrose. Een teveel aan koper bij de ziekte van Wilson kan ook worden aangetroffen in de hersenen en in het hoornvlies van de ogen.