Na het immunofluorescentieprotocol moeten de monsters worden gemonteerd tussen een objectglaasje en een dekglaasje voor microscopie-analyse. Hiervoor moet een geschikt fluorescentie-inbedmiddel worden gebruikt om de monsters op het glaasje te fixeren en uitdroging ervan te voorkomen. Bovendien verhogen de inbedmiddelen de brekingsindex.

Sommige inbedmedia bevatten additieven zoals DABCO, een antiverbleekmiddel dat het monster beschermt tegen fotobleken. Afhankelijk van de gebruikte fluorochromen zijn sommige antiverblekingsmiddelen doeltreffender dan andere. Daarnaast zijn er ook inbedmiddelen die DNA-kleurstoffen bevatten (zoals DAPI). Dankzij deze inbedmiddelen is het mogelijk de kernen tijdens de assemblage te kleuren.

Er bestaan inbedmedia die kunnen polymeriseren; deze media worden zeer veel gebruikt voor fluorescentiemicroscopie. Dankzij deze inbedmiddelen kunnen de monsters lang worden bewaard als zij tegen licht worden beschermd; de enige factor die de houdbaarheid bepaalt is het gebruikte fluorochroom waarvan de fluorescentie-intensiteit met de tijd afneemt.