Bij zoogdieren is fagocytose door fagocyten (bijv. macrofagen, dendritische cellen en neutrofielen) essentieel voor verschillende biologische gebeurtenissen, waaronder weefselopbouw en de continue opruiming van stervende cellen. Bovendien is fagocytose een vroege en cruciale gebeurtenis in het op gang brengen van de afweer van de gastheer tegen binnendringende ziekteverwekkers. Fagocytose bestaat uit een reeks gebeurtenissen, te beginnen met de binding en herkenning van deeltjes door receptoren op het celoppervlak, gevolgd door de vorming van actinerijke membraanuitbreidingen rond het deeltje. Fusie van de membraanuitbreidingen resulteert in fagosoomvorming, die voorafgaat aan de rijping van het fagosoom tot een fagolysosoom. Ziekteverwekkers in het fagolysosoom worden vernietigd door verlaging van de pH, hydrolyse en radicalenaanval. Deze vroege gebeurtenissen die gemedieerd worden door het aangeboren immuunsysteem zijn cruciaal voor de overleving van de gastheer. Als gevolg van dit proces kunnen van pathogenen afgeleide moleculen worden gepresenteerd op het celoppervlak (antigenpresentatie), waardoor verworven immuniteit kan worden geïnduceerd.
Fagocytose kan in vitro worden gemeten door de opslorping van een substraat door fagocytische cellen te meten. Er kunnen verschillende substraten worden gebruikt, waaronder rode bloedcellen, E. coli en Zymosan (gist)deeltjes.