A mancha de mucicarmina destina-se à coloração da mucina. A mucina é uma secreção produzida por uma variedade de células epiteliais e células do tecido conjuntivo. Em certas inflamações ou carcinomas intestinais, um excesso de mucina é secretado pelas células epiteliais.

A técnica de coloração da mucicarmina é também útil para determinar o local de um tumor primário através da visualização de células tumorais que produzem mucina numa área que não contém células produtoras de mucina, o que significa que o tumor não é afectado nesta área.

A coloração com mucicarmina é também útil para a coloração de fungos encapsulados como o cryptococcus.

O princípio da coloração da mucicarmina baseia-se na presença de alumínio que forma um complexo quelante com carmina. Isto altera a carga da molécula de carmim para uma carga positiva que lhe permite ligar-se a substratos ácidos de baixa densidade, tais como as mucinas.