Após o protocolo de imunofluorescência, as amostras devem ser montadas entre a lâmina e a lamela para análise microscópica. Para tal, é necessário utilizar um meio de montagem fluorescente adequado para fixar as amostras na lâmina e evitar a sua desidratação. Além disso, o meio de montagem aumenta o índice de refracção.

Alguns suportes de montagem contêm aditivos tais como DABCO, um agente anti-descoloração que protege a amostra contra a fotodepilação. Dependendo dos fluorocromos utilizados, alguns agentes anti-descoloração são mais eficazes do que outros. Além disso, existem também meios de montagem contendo corantes de ADN (como o DAPI). Graças a estes meios de montagem, é possível colorir os núcleos durante a montagem.

Existem meios de montagem capazes de polimerizar, estes meios são muito amplamente utilizados para microscopia de fluorescência. Graças a estes meios de montagem é possível manter as amostras durante muito tempo se estas estiverem protegidas da luz, o único factor determinante do prazo de validade é o fluorocromo utilizado cuja intensidade de fluorescência diminui com o tempo.