As amostras são lisadas e passadas pela membrana usando força centrífuga ou a vácuo. As soluções de lavagem e eluição são posteriormente passadas pela membrana, e a amostra é coletada em um tubo por centrifugação ou vácuo.

A extração de fase sólida, como o uso de um método de extração baseado em coluna de centrifugação, aproveita o fato de que o DNA se liga à sílica. A amostra contendo DNA é adicionada a uma coluna contendo gel de sílica ou beads de sílica e sais caotrópicos. Os sais caotrópicos interrompem a ligação de hidrogênio entre as cadeias e facilitam a ligação do DNA à sílica, fazendo com que os ácidos nucleicos se tornem hidrofóbicos. Isso expõe os resíduos de fosfato, tornando-os disponíveis para adsorção. O DNA se liga à sílica, enquanto o restante da solução é lavado com etanol para remover sais caotrópicos e outros constituintes desnecessários. O DNA pode então ser reidratado com soluções aquosas de baixo teor de sal, permitindo a eluição do DNA das beads.