As células-tronco embrionárias de camundongo (mESCs) são um modelo animal comumente utilizado em pesquisas sobre células-tronco e biologia do desenvolvimento. As mESCs são geralmente isoladas de blastocistos derivados da massa celular interna de embriões de 3,5 dias e têm o potencial de gerar todos os tipos celulares presentes no corpo. Elas podem ser cultivadas em meios livres de soro, sem camada de alimentação, na presença de fator inibidor de leucemia (LIF) e proteína morfogenética óssea (BMP)-4, tornando-as um excelente modelo.

As mESCs são uma excelente ferramenta para entender muitos aspectos da biologia celular e do desenvolvimento, como a regulação do ciclo celular, interações celulares durante o desenvolvimento e controle da expressão gênica. As mESCs são um sistema importante para entender a biologia das células-tronco e dos tecidos, bem como para criar camundongos transgênicos ou knockout, que são usados como modelos de doenças in vivo, por meio da recombinação homóloga. As aplicações recentes das mESCs incluem a identificação de fatores que mantêm a pluripotência, pesquisas sobre doenças genéticas humanas, identificação de novos fatores de diferenciação e biologia do câncer.