A extração por fenol é um método amplamente utilizado para remover proteínas de uma amostra de DNA, por exemplo, para remover proteínas de lisado celular durante a preparação de DNA genômico.

A extração orgânica envolve a adição e incubação em múltiplas soluções químicas diferentes; incluindo uma etapa de lise, uma extração com fenol-cloroforma, uma precipitação com etanol e etapas de lavagem.

As amostras são homogeneizadas em uma solução que contém fenol e, em seguida, centrifugadas após a adição de cloroforma. Durante a centrifugação, a amostra se separa em três fases: uma fase aquosa superior que contém DNA, uma interface contendo as proteínas e uma fase orgânica inferior que contém RNA e lipídios.

A vantagem do método fenol-cloroforma é a simplicidade do protocolo, a rápida desnaturação das nucleases e a estabilização dos ácidos nucleicos. A principal desvantagem é o uso das substâncias químicas tóxicas fenol e cloroforma, e há um risco aumentado de contaminação devido à transferência de DNA entre múltiplos tubos.