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A eletroforese de proteínas é uma técnica de eletroforese em gel que permite a análise de uma mistura de proteínas. O gel utilizado é composto por acrilamida, que se polimeriza formando uma rede. A eletroforese em gel permite separar as proteínas para análise. Baseia-se na capacidade das proteínas carregadas migrarem através da malha de um gel quando é aplicada uma corrente eléctrica. A análise de uma mistura por eletroforese em gel é efectuada nas chamadas proteínas desnaturadas, ou seja, proteínas que perderam as suas estruturas terciárias e secundárias. Um detergente aniónico cobre as cadeias de polímeros desnaturados, conferindo-lhes uma carga (relação carga/aminoácido constante). As proteínas individuais numa mistura complexa são assim cobertas por uma "camada" de cargas negativas. Quando é aplicada uma tensão contínua entre as extremidades de um gel onde a mistura complexa de proteínas foi depositada, as proteínas migram através das malhas que constituem o gel. As malhas do gel retêm menos moléculas de peso molecular mais baixo, que são as que têm maior migração. As moléculas mais longas ficarão mais retidas entre as malhas do gel e terão uma migração relativa menor. A definição da separação pode ser aumentada ou diminuída utilizando um gel de malha mais ou menos solta. Durante a migração, é utilizado um marcador de peso molecular para obter uma escala de peso molecular que permita determinar o tamanho de cada proteína da mistura.

 

Para visualizar as proteínas após a migração, é frequentemente utilizada uma coloração específica. A coloração mais comummente utilizada é o azul de Coomassie, mas também é possível efetuar uma coloração com prata. Durante a migração, é utilizado um marcador de peso molecular para obter uma escala de peso molecular que permita determinar o tamanho de cada proteína na mistura.